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致赛业客户的一封信

日期: 2022年10月23日


    

尊敬的各位客户:

感谢您长久以来对赛业的支持,为了能更好地服务客户,提升服务质量,我司已于2022年9月19日全面升级基因编辑小鼠技术方案(包含定制模型技术方案及敲除小鼠资源库(红鼠库)技术方案)。本次方案升级由我司携手清华珠三角研究院人工智能创新中心共同主导完成,希望能为您带来更佳的使用体验。

 

新版技术方案得到了清华珠三角研究院人工智能创新中心所开发的大型AI生物信息数据库RDDC(Rare Disease Data Center)的大力支持。对比旧版技术方案,新版技术方案在原方案已有的项目简述、打靶策略图、脱靶分析、基因与蛋白质信息等板块的基础上,具象化或新增了以下信息:

 

1. 基因信息简介

新版方案对目的基因进行了基因简介信息补充,您可通过该板块内容快速了解目的基因所调控的生理功能及可能参与的疾病等信息。人源化的新版方案中将为您分别展示鼠源基因、人源基因两类信息简介,帮助您快速进行两者的信息对比。

 

AI生物信息数据库

——鼠源基因信息简介——

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——人源基因信息简介——

2. 不同物种间的遗传信息

新版方案中增加了人类、大鼠、小鼠三个物种在基因长度、外显子数量、标准转录本长度、标准蛋白质长度、转录本同源性、蛋白质同源性等维度的对比数据,不同物种间的遗传信息比对一目了然,同时您可通过点击链接进入详情页面进行进一步的了解。

 

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3. 旁系同源基因信息

新版方案中增加了旁系同源基因信息,旁系同源基因所编码的蛋白跟目的基因编码的蛋白有着相似或相关功能,该板块信息的添加可帮助您更好地规避因旁及同源基因干扰表达所带来的项目风险。

 

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4. 基因组信息

基因组信息板块展示了目的基因在不同版本的参考基因组中的位置信息、长度信息,并将以上信息进行了可视化展示,对不同版本的基因信息差异了然于胸。

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5. 基因的转录本信息

新版技术方案在原方案的转录本信息板块基础上,将目的基因的转录本信息以汇总型的表格形式呈现,方便您快速了解目的基因的转录本信息。

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6. 蛋白质功能信息

新版技术方案基于Uniprot数据库,通过可视化的形式,为您全方位展示将转录本对应的蛋白质功能域信息。您可通过该板块信息快速了解所选的转录本对应的蛋白质上分布的修饰位点及结合位点等信息,对小鼠基因编辑区域或者位点的功能一目了然。

 

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7. 蛋白质相互作用信息

新版技术方案增加了蛋白质相互作用板块,该板块基于String数据库,将蛋白质的相互作用信息以可视化的形式展示出来。通过辨别表格中蛋白质颜色的深浅,您可迅速判断其他蛋白质和目的蛋白的相互作用情况。   

 

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8. 基因的表达信息

新版技术方案增加了目的基因在生物体内的不同组织或不同发育阶段的表达情况,为您提供多角度思考方向。

 

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9. AI工具的使用——剪切位点预测报告

新版技术方案最大的亮点是增加了AI工具的使用。在点突变的新版技术方案中,我们引入了由将清华珠三角研究院人工智能创新中心开发的AI工具——突变剪切位点预测工具(RNA Splicer)所评估的突变预测报告,RNA Splicer可准确预测分析基因突变对剪接位点产生的影响。在过往的项目经历中,您是否存在这样的疑问?为什么构建的基因编辑动物在基因层面验证结果是符合预期的,但是蛋白层面的验证结果却大相径庭?除去旁系同源基因、抗体等其他干扰因素,出现这一情况的其中一个可能因素还包括剪切位点的产生或者破坏。剪切改变可能导致蛋白产物并非以理论情况存在,这可能导致蛋白框的移码甚至蛋白的提前终止,最终导致动物模型构建结果不尽如人意。RNA Splicer工具的加入可辅助构建正确的动物模型,减少动物模型构建失败的风险。

 

AI生物信息数据库

 

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希望我司升级后的技术方案能为您带来更好的体验,扫码二维码即可直达RDDC官网,让我们一同为探索研发新路贡献力量吧。再次感谢您长期的支持与理解!如对新版方案有任何意见或建议,可拨打400-680-8038或邮件至info@cyagen.com联系我们,谢谢!

                                                                                                                                                                                                                                                                                                             赛业生物 2022年9月23日