Nature子刊:新染色体构象捕获技术

日期: 2018年05月03日


    

导读:华中农业大学的研究人员近期发表了题为“Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient and cost-effective method for chromosome conformation capture”的文章,提出了一种新染色体构象捕获技术——DLO Hi-C,这种方法降低了背景数据噪音,高质量低成本获取Hi-C数据。赛业小编为您推荐“Nature子刊:新染色体构象捕获技术”,详情如下:

 

Nature子刊:新染色体构象捕获技术


Hi-C技术是三维基因组学的主要研究方法,但存在实验成本高、数据噪音大、实验过程繁琐等缺点。来自华中农业大学的研究人员近期发表了题为“Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient and cost-effective method for chromosome conformation capture”的文章,提出了一种新染色体构象捕获技术——DLO Hi-C,这种方法降低了背景数据噪音,高质量低成本获取Hi-C数据。


这一研究成果公布在4月26日的Nature Genetics杂志上,文章的通讯作者为华中农业大学的“楚天学者特聘教授”曹罡与李国亮教授,第一作者为林达与洪萍。同期Nature Genetics也配发了评论性文章,指出这篇文章“引入关键的双连线策略,能过滤噪音,同时进行早期质量控制。”

 

Hi-C技术图1


Hi-C技术是三维基因组学的主要研究方法,新的DLO Hi-C染色体构象捕获技术,采用同时酶切酶连的方式,将DNA接头连接在染色体内切酶切口末端上,然后进行邻近酶连,最后将用MmeI内切酶酶切消化,回收固定大小互作DNA片段,从而大大地降低了背景数据噪音,获取质量高于传统Hi-C的数据。DLO Hi-C技术还可以用于染色体易位位点筛选。

 

Hi-C技术图2


DLO Hi-C技术使全基因组染色体构象捕获实验的成本大大的降低,同时简化了实验步骤,使得实验成功率显著提高,对辅助基因组组装、解析基因组远程调控元件的功能、理解疾病易感位点、以及检测染色体结构变异有着重要的意义。


这种DLO Hi-C技术为解析基因组三维结构提供了一种新型高效、经济的研究方法。

 

Hi-C技术图3


作者简介:


曹罡,男。华中农业大学教授、博士生导师,基础兽医学系系主任,生物医学中心副主任。农业微生物国家重点实验室固定研究人员,Scientific Reports杂志 Editorial Board。于2008年在荷兰Nijmegne分子生命科学研究中心结束博士论文工作,并获得2008年国家优秀留学生奖。2008-2010年期间在加州Sanford-Burnham医学研究所从事博士后研究。2010-2012年期间在冷泉港实验室从事博士后研究。以联系作者或第一作者在JACC, Current Biology, NAR, JBC,Oncotarget, Scientific Reprot等刊物发表论文多篇,申请专利多项。从事神经病原学与神经科学的交叉学科研究。利用三维基因组测序,单细胞测序,TRAP、甲基化测序等各种前沿下一代高通量测序技术,配合双光子活体成像,超分辨成像,CRISPR/Cas基因编辑,蛋白及核酸互作,等现代分子生物学技术,集中研究以下三个方向:1.研究神经系统对病原入侵和免疫反应的感知及调控 。2.改造利用嗜神经病毒探索大脑神经回路,尤其是与调节免疫系统相关的神经环路,3.病原与宿主细胞相互作用,研究结核分枝杆菌寄生、复发及逃逸宿主免疫清除的分子机制。


原文标题:


Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient and cost-effective method for chromosome conformation capture


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