Nature子刊:肿瘤和微环境中的蛋白质组学图谱有助于个性化治疗

日期: 2018年03月13日


    

导读:弥漫性胃癌(DGC)是一种难以治疗的癌症,且患者往往预后不佳。如今发表在《Nature Communications》的一项新研究表明,肿瘤和微环境中的蛋白质组学图谱可以为个性化治疗提供额外的信息。下面,赛业小编为您推荐“Nature子刊:肿瘤和微环境中的蛋白质组学图谱有助于个性化治疗”,详情如下:


弥漫性胃癌(DGC)是一种难以治疗的癌症,且患者往往预后不佳。如今发表在《Nature Communications》的一项新研究表明,肿瘤和微环境中的蛋白质组学图谱可以为个性化治疗提供额外的信息。


国家蛋白质科学中心(北京)和北京大学肿瘤医院的研究人员利用了免疫组化、液相质谱/色谱、靶向测序等方法,分析了84名弥漫性胃癌患者的肿瘤和微环境样本中的蛋白质组、突变和微卫星稳定性模式。他们将DGC分为三种蛋白质组亚型,分别为PX1、PX2和PX3。


研究人员深入研究了这些亚型对治疗的敏感性。在化疗反应较差的PX3亚型中,他们发现了免疫相关的特征,预计它会对癌症免疫治疗有反应。同时,PX1亚型中的细胞周期通路经常发生改变,而PX2肿瘤则包含了细胞周期和上皮间质转换通路的改变。


“我们的蛋白质组分析进一步将弥漫性胃癌分为三个亚型,揭示了它在蛋白质组水平上的异质性和多样性,”研究人员在文中写道。


胃癌的特点是丰富的多样性和遗传异质性,它在东亚尤为常见。过去的一些研究工作已经根据微卫星不稳定性、染色体不稳定性、基因组稳定性或EB病毒感染对胃癌进行分型。


对于弥漫性胃癌,之前的分析将其归到基因组稳定的亚型,不过亚洲癌症研究组根据基因表达图谱将其进一步划分为四种亚型:一种由微卫星不稳定肿瘤组成的亚型以及三种显示出EMT转换、TP53活性或无TP53活性的微卫星稳定亚型。


在这项新的研究中,研究人员利用靶向外显子组测序、快速质谱和液相色谱分析,对84名弥漫性胃癌患者的肿瘤及相邻组织进行了评估。他们重点分析了11,340中蛋白的表达谱和274个癌症相关基因的潜在驱动突变,发现183个基因中存在近7,200个体细胞变异。


在蛋白质组学方面,研究人员在肿瘤和微环境样本中发现了7,443种基因产物。其中,近1,500种基因产物是弥漫性胃癌特异的,而261种基因产物只出现在微环境样本中。


之后,研究人员定义了PX1(细胞周期)、PX2(EMT)和PX3(免疫过程富集)三种蛋白质组亚型,以及相关的肿瘤-微环境基因突变、生存模式和可能的治疗目标。他们指出,肿瘤的蛋白质组学图谱并不总是包含突变基因的产物。


“一些癌基因的产物并没有在肿瘤中检测到,但在相邻的组织中检测到,”研究人员写道,为仅仅根据DNA突变来设计治疗方案提出了警告。他们认为有必要检测蛋白质,才有望实现真正的精准医疗。


原文检索


A proteomic landscape of diffuse-type gastric cancer


Nature Communicationsvolume 9, Article number: 1012 (2018)


doi:10.1038/s41467-018-03121-2


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