CRISPR大规模筛选的软件工具

日期: 2018年04月04日


    

导读:CRISPR方法是基于天然存在于许多细菌的一个系统,该方法在最近几年已经引起了广泛的关注。使用CRISPR的一种非常行之有效的方法是,同时、平行地研究DNA的不同部分,称为CRISPR筛选。“Green Listed”被专门用来促进这种类型的大规模研究。赛业小编为您推荐“CRISPR大规模筛选的软件工具”,详情如下:

 

CRISPR大规模筛选软件工具


瑞典卡罗林斯卡学院和哥德堡大学的研究人员研发出了一个基于网络的软件——Green Listed,可以方便CRISPR方法的使用。该软件发表在《Bioinformatics》,可以通过greenlisted.cmm.ki.se网站免费获取。


卡罗林斯卡学院医学系分子医学中心(CMM)的Fredrik Wermeling说:“我们使用CRISPR方法来研究免疫细胞和癌细胞。目的是为免疫系统相关疾病的患者,开发新的治疗方法,如关节炎、以及癌症。”


CRISPR方法是基于天然存在于许多细菌的一个系统,该方法在最近几年已经引起了广泛的关注。使用CRISPR的一种非常行之有效的方法是,同时、平行地研究DNA的不同部分,称为CRISPR筛选。”“Green Listed”被专门用来促进这种类型的大规模研究。


Fredrik Wermeling说:“在我们的研究中,通过使用CRISPR方法,我们现在可以解释多年来试图弄清的现象。这主要是与CRISPR筛选实验有关,在这些实验中我们对分离细胞中大量选定的DNA部分进行并行的修饰。Green Listed软件大大简化了这一过程,对于我们的研究进展是非常重要的。”


DNA是研究人员经常使用的一个抽象概念。Fredrik提出了一种方法来思考DNA,即,它类似于细胞内携带的一份食谱。


Fredrik总结说:“之所以说组成个体的细胞是不同的,是因为,它们以不同的方式使用不同的食谱。在一定程度上很多疾病可以通过‘患者的DNA中存在变化’来解释。与食谱一致的是,这可以被视为食谱中的一个或多个成分发生了改变。我们很容易想象,如果你改变食谱中的一种成分,最终产品是完全不同的,例如,从一汤匙糖到一汤匙的盐的变化。用CRISPR方法,我们可以快速地在单个分离的细胞中做出这种变化,从而了解我们所研究的疾病。”


原文标题:


Green Listed – A CRISPR Screen Tool," OUP accepted manuscript


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