Cancer Cell:非整倍性与各种癌症之间的关联

日期: 2018年04月08日


    

导读:在《Cancer Cell》杂志上发表的第二篇文章中,研究人员讨论了非整倍性与各种癌症之间的关联。非整倍性,包括整条染色体或染色体臂的不平衡,被认为是所有癌症的普遍特征。下面,赛业小编为您推荐“Cancer Cell:非整倍性与各种癌症之间的关联”,详情如下:


泛癌症图谱(Pan-Cancer Atlas)作为癌症基因组图谱(TCGA)的收官项目,其目标是整合出不同肿瘤的TCGA数据,然后对这些数据进行分析和解释。如今,第一批的结果已经出炉。研究人员将在细胞出版社(Cell Press)旗下杂志上发表25篇论文。


在《Cancer Cell》杂志上发表的第二篇文章中,研究人员讨论了非整倍性与各种癌症之间的关联。非整倍性,包括整条染色体或染色体臂的不平衡,被认为是所有癌症的普遍特征。在此,研究人员描述了非整倍性与TP53突变、体细胞突变率以及增殖基因表达之间的相关性。


研究人员首先对样本进行非整倍性评分,这个分数反映了染色体臂的总数以及拷贝数改变。然后,根据位置和长度对每条臂上的体细胞拷贝数改变(SCNA)进行分类。若改变的平均长度大于80%,则被认为是阳性的,反之被认为是阴性的。


之后,他们将此方法应用在10,522个癌症基因组上,这些来自TCGA泛癌症数据集,覆盖33种癌症类型。他们利用Affymetrix SNP 6.0芯片获得DNA拷贝数。 最终确定40多万条染色体臂和超过17.5万条染色体的SCNA状态。


最后,他们计算出每个样本的非整倍性分数。据介绍,非整倍性分数与基因组改变的比例高度相关。他们还发现,非整倍性与免疫信号基因的表达呈现反相关。染色体臂水平的改变反映出癌症特异的模式。“这项研究定义了癌症非整倍性的基因组和表型相关性,并为研究染色体臂非整倍性提供了一种实验方法,”作者写道。


在同期发表的另一篇文章中,匹兹堡大学领导的团队绘制了20种癌症中的长链非编码RNA(lncRNA)的表观遗传图谱。通讯作者是匹兹堡大学的助理教授Da Yang。


研究人员探索了6,475个肿瘤和455个癌细胞系中编码lncRNA的基因。 他们观察到1,006个lncRNA基因在癌症中反复发生低甲基化,包括EPIC1基因,其过表达与管腔B型乳腺癌患者的预后不良相关,并在体外和体内促进肿瘤生长。


他们还展示了EPIC1如何像致癌性lncRNA一样发挥功能,它与MYC蛋白相互作用并促进细胞周期的进展。“这些发现扩展了已知的MYC激活机制,并有望通过EPIC1来开发针对MYC的治疗方法,”作者写道。(生物通 薄荷)


原文检索


Genomic and Functional Approaches to Understanding Cancer Aneuploidy


lncRNA Epigenetic Landscape Analysis Identifies EPIC1 as an Oncogenic lncRNA that Interacts with MYC and Promotes Cell-Cycle Progression in Cancer


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